Sau nhiều năm được che chở khỏi thế giới loài người, anh em nhà Rùa lên đường chiếm được cảm tình của người dân New York và được chấp nhận như những thanh thiếu niên bình thường thông qua những hành động anh hùng. Người bạn mới April O'Neil giúp họ đương đầu với một tổ chức tội phạm bí ẩn, nhưng họ sớm gặp rắc rối khi một đội quân dị nhân tấn công họ.